Ob osvojitvi prvega naslova državnega prvaka v sezoni 2006/2007: predsednik Stane Oražem, športni direktor Nenad Protega, trener Slaviša Stojanović
Pred sezono 2002/2003 je v NK Domžale prišlo do temeljite organizacijske prenove. Predsednik Stane Oražem je v upravo kluba povabil Nenada Protego, ki je bil takrat še igralec Domžal. Ljubljančan je nogometne čevlje obesil na klin in začel opravljati delo športnega direktorja. Naslednje kadrovske poteze obeh mož so se izkazale za odločilne. K sodelovanju v ambicioznem projektu sta povabila Slavišo Stojanovića, ki je postal trener članskega moštva in Miho Kebeta, ki je prevzel vodenje mladinskega nogometnega centra NK Domžale.
DOMŽALE NA VRHU NOGOMETNE SLOVENIJE
Državni prvaki 2006/2007
Člansko moštvo je že v prvi sezoni (2002/2003) suvereno osvojilo prvo mesto v drugi ligi in se ekspresno vrnilo nazaj med slovensko nogometno elito. V Domžalah niso preskakovali stopnic, zato so se počasi in vztrajno vzpenjali proti slovenskemu nogometnemu vrhu. V naslednji sezoni (2003/2004) so v ligi z dvanajstimi klubi osvojili osmo mesto, že v sezoni 2004/2005 pa so rumeno-modri končali na drugem mestu in se prvič v zgodovini kluba uvrstili v pokal evropske nogometne zveze. Domžalčani so leto pozneje ponovili uspeh in sezono 2005/2006 znova končali z naslovom podprvaka, dve točki za vodilno HiT Gorico. Končni preboj na sam vrh slovenskega nogometa jim je uspel v sanjski sezoni 2006/2007, ko so suvereno osvojili naslov državnega prvaka, saj je drugouvrščena HiT Gorica za četo Slaviše Stojanovića zaostala za neverjetnih sedemnajst točk. Domžalčani so v vsega petih letih uspeli iz druge lige priti do najboljše ekipe na sončni strani Alp. Poleg tega so postavili tudi edinstven rekord v slovenskem državnem prvenstvu, saj so neporaženi ostali kar na 32 zaporednih tekmah (4 tekme v sezoni 2005/2006 in 28 tekem v sezoni 2006/2007). Ta rekord je v veljavi še danes. 
Državni prvaki 2007/2008
Domžalčani so sezono 2007/2008 začeli z lovoriko, saj so v Superpokalu z 2:1 premagali Koprčane. V državnem prvenstvu pa so bili ponovno premočni za vso konkurenco v Sloveniji. Dobro selekcionirana in odlično vodena ekipa je brez večjih težav ubranila naslov državnega prvaka, saj je imela na koncu sezone pred drugouvrščenim Koprom devet točk prednosti. Poleg tega si je naziv najboljšega strelca sezone z 22 doseženimi goli prislužil hrvaški napadalec Domžal Dario Zahora. Po osvojitvi drugega zaporednega naslova državnega prvaka sta klub zapustila trener Slaviša Stojanović in športni direktor Nenad Protega.
NK DOMŽALE IN EVROPA
1. kolo Pokala UEFA 2005/2006: VFB Stuttgart - Domžale 2:0
Odlični rezultati v domačem prvenstvu so NK Domžale popeljali tudi v evropska tekmovanja. Rumeno-modri so dvakrat nastopili v pokalu evropske nogometne zveze. Že v krstni sezoni 2005/2006 so se Domžalčani prebili čez sito dveh krogov kvalifikacij. V prvem krogu so brez težav izločili Domagnano iz San Marina, v drugem krogu pa se jim je po robu zoperstavil izraelski Ashdod. Domžalčani so se s prve tekme v Izraelu vrnili z lepo potnico, saj so remizirali z izidom 2:2.
Povratna tekma v Športnem parku je bila prava srhljivka, saj so gostje z 1:0 vodili vse do sodnikovega podaljška, ko je Nikola Nikezič, z izjemnim golom, popeljal Domžale v prvi krog pokala UEFA. Nagrada za uspešne nastope v Evropi je bila tekma z nemškim velikanom Stuttgartom. Večkratni državni in pokalni prvaki Nemčije so si na domačem igrišču zagotovili dva gola prednosti. Na povratni tekmi v Domžalah pa je četa Slaviše Stojanovića z golom Daliborja Stevanovića dosegla najodmevnejšo zmago v zgodovini kluba. Kljub temu se je v skupinski del pokala evropske nogometne zveze uvrstil Stuttgart.
1. kolo Pokala UEFA 2005/2006: VFB Stuttgart - Domžale 2:0
Naslednjo sezono so se Domžalčani ponovno uvrstili v pokal evropske nogometne zveze. Tako kot v uvodni sezoni, so tudi takrat brez težav preskočili prvo oviro. Orašje, klub iz Bosne in Hercegovine je klonil s skupnim izidom 7:0. V drugem krogu kvalifikacij so se rumeno-modri ponovno srečali z izraelskim predstavnikom. Tokrat se jim je po robu postavil Hapoel iz Tel-Aviva. Prvo tekmo so Domžalčani ponovno odigrali v gosteh in sicer v nizozemskem Tilburgu (zaradi varnostnih razlogov). Na krilih Zlatana Ljubijankića, ki je dosegel oba gola, se je četa Slaviše Stojanovića domov vrnila z rezultatom 2:1. Povratna tekma v Športnem parku v Domžalah je ponovno postregla z razburljivim razpletom. Hapoel je za napredovanje potreboval dva zadetka. V sedemdeseti minuti so Izraelci prvič uspeli premagati domačega vratarja Janeza Strajnarja. Ko je že kazalo na napredovanje Domžal, je v sodnikovem podaljšku domžalska obramba klonila še dvakrat in sanj o novi uvrstitvi v prvi krog pokala evropske nogometne zveze je bilo konec. 
1. kolo kvalifikacij za Ligo prvakov 2007/2008, prva tekma: Domžale - F.K. Tirana (Alb) 1:0
V sezoni 2007/2008 so se Domžalčani prvič uvrstili v kvalifikacije za Ligo prvakov. Žreb jim je že v prvem kolu namenil izjemno neugodno ekipo F.K. Tirana. Albanski prvak je najprej gostoval v Športnem parku v Domžalah in okoli 2000 gledalcev je spremljalo izenačeno in trdo srečanje. Varovanci Slaviše Stojanovića nikakor niso uspeli prebiti obrambe gostov, potem pa je na sceno stopil Srb Siniša Janković, Napadalec Domžal se je 45. minuti nenadoma odločil za strel z več kot 30 metrov. Žoga je končala v zgornjem desnem kotu nemočnega vratarja Tirane in Domžalčani so se v Albanijo odpravili z minimalno prednostjo. Na povratnem srečanju se Domžalčani niso ustrašili 8000 domačih navijačev, ki so glasno spodbujali svojo ekipo. Zlatan Ljubijankić je v 31. minuti poskrbel za žogo v mreži Tirančanov in rumeni so bili z eno nogo v drugem kolu kvalifikacij. Albanci so sicer v 76. minuti uspeli izenačiti, a je vse dvome o skupnem zmagovalcu le dve minuti pozneje, s svojim drugim golom na tekmi, razblinil Ljubijankić.
1. kolo kvalifikacij za Ligo prvakov 2007/2008, povratna tekma: F.K. Tirana (Alb) - Domžale 1:2
V drugem kolu je žreb Domžalčanom namenil zagrebški Dinamo, ki je imel takrat eno najmočnejših zasedb v svoji zgodovini na čelu z Luko Modrićem, Vedranom Čorluko, Mariom Mandžukićem, Tomislavom Šokoto, Ognjenom Vukojevićem, Gordonom Schildenfeldom, Ettojem, Sammirjem... Prva tekma je bila odigrana na razprodane stadionu v Športnem parku v Domžalah. Gostje so upravičili vlogo favorita in po 50 minutah so že vodili z 2:0, gola sta dosegla Šokota in iz enajstmetrovke Modrić. Upanje pred povratnim dvoboju na zagrebškem Maksimirju je Domžalčanom v 76. minuti vliv Dražen Žeželj, ki je postavil končni izid prve tekme 1:2.
2. kolo kvalifikacij za Ligo prvakov 2007/2008, povratna tekma:
Dinamo Zagreb - Domžale 3:1
Zgoraj od leve proti desni: Dejan Nemec, Janez Aljančič, Velimir Varga, Luka Žinko, Zlatan Ljubijankić, Dario Zahora
Spodaj: Danijel Brezič, Tadej Apatič, Siniša Janković, Luka Elsner, Andraž Kirm
Šest dni pozneje so se Domžalčani odpravili v Zagreb, kjer jih je pričakalo 20.000 gledalcev. Dinamo je hitro vnovčil domač teren in v 22. minuti je z goloma Vukojevića in Šokote že vodil z 2:0. V 27. minuti je zaostanek rumenih znižal Zahora, Dinamo pa je napredovanje v 3. kolo kvalifikacij za Ligo prvakov potrdil v 60. minuti, ko je končni izid 3:1 postavil Sammir.
ODMEVNI PRESTOPI IGRALCEV
Dalibor Stevanović je iz Domžal prestopil v španski Real Sociedad
Za odlične predstave so v prvi vrsti zaslužni odlični nogometaši. Kvalitetni igralci, še posebej ob nastopih v evropskih tekmovanjih in v slovenski reprezentanci, hitro postanejo plen tujih, bogatejših klubov. Temu se niso uspeli izogniti niti v NK Domžale, a so takrat v nasprotju z nekaterimi drugimi slovenskimi klubi, postavili primerne, za slovenske razmere visoke odškodnine.
Branko Ilić je iz Domžal prestopil v španski Real Betis
Dalibor Stevanović je bil prvi igralec Domžal, ki so ga opazili bogati tuji klubi. V zimskem prestopnem roku sezone 2005/2006 je največje zanimanje pokazal španski prvoligaš Real Sociedad, ki je zanj plačal tudi visoko odškodnino. Takrat je bil to najdražji prestop kateregakoli igralce iz slovenske lige v tujino. Že naslednji zimski prestopni rok so Domžalčani opravili še en rekorden prestop, ki se je dokončno zaključil ob koncu sezone 2006/2007. Po stopinjah Daliborja Stevanovića je šel Branko Ilić, ki ga je v svoje vrste zvabil španski prvoligaš Real Betis. 
Zlatan Ljubijankić je iz Domžal prestopil v belgijski Gent
Za tretjega v vrsti velikih prestopov v tem obdobju pa je poskrbel napadalec Zlatan Ljubijankić, ki je Domžale zapustil kot najboljši strelec kluba v njegovi zgodovini. V štirih sezonah in pol je dosegel 35 golov, v zimskem prestopnem roku sezone 2007/2008 pa se je preselil k belgijskemu Gentu.
MLADINSKI NOGOMETNI CENTER (MNC)
Nogometni klub Domžale ima poleg odličnih rezultatov in strokovnega dela v članski selekciji tudi odlično zasnovano mladinsko šolo – Mladinski nogometni center (MNC). Ta se je v obdobju petih letih (2002 – 2007) razvila v eno izmed najboljših v državi. Pod vodstvom vodje MNC Mihe Kebeta, so vse selekcije napredovale v najvišji rang tekmovanja v državi, občutno pa se je povečalo tudi število otrok, ki vadijo pod okriljem centra.
Miha Kebe, prvi vodja Mladinskega nogometnega centra NK Domžale
''Pred petimi leti je v MNC Domžale v šestih selekcijah treniralo okoli sto dvajset otrok. Poleg tega je na štirih osnovnih šolah delovala tudi otroška nogometna šola (nogometni krožki), kjer je vadilo približno sto otrok. V klubu je z mladimi nogometaši delalo sedem trenerjev in MNC Domžale takrat ni imel nobenega državnega reprezentanta. Danes v okviru MNC Domžale na šestih osnovnih šolah deluje otroška nogometna šola Domžale, v kateri prve nogometne korake spoznava preko dvesto petdeset otrok. V klubu imamo trenutno deset selekcij, v katerih pod strokovnim vodstvom štirinajstih trenerjev redno vadi čez dvesto otrok. V MNC Domžale imamo trenutno tudi dvanajst državnih reprezentantov,'' je ob koncu sezone 2006/2007 osnovne informacije o delovanju centra podal Miha Kebe. Dobro delo v MNC potrjujejo tudi rezultati, saj so vse selekcije v samem vrhu svojih tekmovanj. Prvo lovoriko pa je v sezoni 2006/2007 v vitrino MNC prinesla selekcija do 14 let, ki je ponovila uspeh članske ekipe in osvojila naslov državnega prvaka.
> 2008 - 2012 Čas sprememb in osvojitev pokala
> 1991 - 2002 Obdobje vzponov in padcev
> 1970 - 1991 NK Domžale do osamosvojitve Slovenije
> 1945 - 1970 Po drugi svetovni vojni
> 1921 - 1940 Pred drugo svetovno vojno
